O Laboratório de Ecologia Aquática foi o primeiro laboratório de pesquisa do NUPEM/UFRJ, ainda como um núcleo avançado do Laboratório de Limnologia do Instituto de Biologia da UFRJ em Macaé. O Laboratório de Ecologia Aquática representa a continuidade do sonho daqueles visionários, como os professores Francisco de Assis Esteves e Reinaldo Luiz Bozelli, que de 1983 a 1994, acampavam às margens das lagoas de Macaé e região para realizar pesquisas pioneiras no contexto de uma abordagem, na época inovadora, na qual integravam os componentes ecológicos aos sociais e econômicos, para entender as consequências da crescente pressão resultante da presença da economia do petróleo na região sobre os ecossistemas e a sociedade.

Nestas barracas, improvisadas de laboratório de pesquisa, também foi concebido o sonho de criar um Núcleo de Pesquisas Ecológicas em Macaé (NUPEM), que posteriormente no ano de 2008, forjou, o Campus UFRJ-Macaé. O Laboratório de Ecologia Aquática nutre forte relações acadêmicas e pessoais com a equipe do Laboratório de Limnologia do Instituto de Biologia da UFRJ, que foi sua célula mater. Na prática, estes dois laboratórios são considerados “Laboratórios Irmãos” e desta maneira perseguem objetivos comuns e compartilham recursos em perfeita sintonia.  Através desta exitosa parceria, que ao longo dos anos evoluiu para uma sólida aliança, tem sido possível desenvolver projetos de grande alcance cientifico e social para o nosso país.

O Laboratório de Ecologia Aquática desenvolve suas linhas de atuação com uma equipe altamente qualificada, envolvendo professores e pesquisadores nas áreas de Geociências, Engenharias, Ciências Biológicas, principalmente Ecologia, em estudos nos ambientes continentais e costeiros, incluindo rios, lagoas, reservatórios, estuários e a paisagem adjacente, dentro da ótica interdisciplinar. Suas regiões de atuação são principalmente a Norte Fluminense, Região dos Lagos e Amazônia. Os integrantes do Laboratório de Ecologia Aquática mantem intercâmbio acadêmico com cientistas de vários países da América Latina, Europa e América do Norte.