Está sob os auspícios da Direção de Pesquisa três Comissões responsável por gerir espaços destinados a pesquisa. Estas Comissões possuem diferente composição e propósito, e prezam pela segurança biológica, biossegurança funcionamento de instalações, convergindo informações e cooperando com o trabalho dos pesquisadores nos diferentes Laboratórios e Espaços.

A Comissão de Segurança Biológica do NUPEM/UFRJ (CSB-NUPEM) é responsável pela orientação do corpo social no exercício de suas atividades didáticas, de pesquisa e de extensão, sobre as normas de biossegurança e procedimentos para evitar danos à saúde e ao meio ambiente.

A Comissão Interna de Biossegurança do NUPEM é regulamentada pelo decreto 5591 de 22 de novembro de 2005, para todas a instituição que se dediquem à pesquisa científica, ao desenvolvimento tecnológico, ensino e à produção industrial, que utilizem técnicas e métodos de engenharia genética ou realize pesquisas com OGM e seus derivados.