Inicialmente vinculada ao Herbário do Instituto de Biologia da UFRJ (RFA), a Coleção Botânica do NUPEM/UFRJ começou a ser estruturada em 2007 com apoio da FAPERJ (Projeto E-26/171.149/2006), tendo como proposta atuar como uma coleção de referência para estudos regionais com plantas vasculares e macroalgas marinhas bentônicas. Entretanto, com o passar dos anos, a coleção botânica teve seu escopo ampliado, e seu acervo atual inclui 3.800 espécimes, sendo 1.240 registros de macroalgas marinhas bentônicas e 2.560 de plantas vasculares (licófitas, monilófitas e fanerógamas).

A coleção botânica acaba de ser indexada no Index Herbariorum como Herbário NUPEM. Em processo de informatização, em breve terá seus dados compartilhados no INCT Herbário Virtual da Flora e dos Fungos.

O Herbário NUPEM conta com um espaço físico atual de 20m² de ambiente refrigerado, equipado com cinco armários de aço, freezer horizontal, desumidificadores, e bancada com microscópio estereoscópico para análise dos espécimes.