Na área de laboratório existem bancadas onde é realizada a triagem, identificação e biometria de organismos marinhos, além da preparação e pesagem de amostras coletadas nos diversos projetos de pesquisa. Entre os equipamentos disponíveis para as pesquisas estão, nove estereomicroscópios (bino e trinoculares, sendo dois com câmeras digital acopladas), dois microscópios, duas balanças analíticas e uma microanalítica (seis casas decimais com ionizador), fluxômetro, salinômetro, além de veículos para coletas e saídas de campo. O laboratório conta com duas saídas de emergência equipadas com barras anti-pânico.

Os recursos financeiros para a construção do prédio e para a aquisição de mobiliários e equipamentos do LIBMAR são integralmente provenientes de projetos de pesquisa “Projeto Costões Rochosos” e “Projeto Multipesca”, financiados através do “Projeto de Apoio à Pesquisa Marinha e Pesqueira no Rio de Janeiro” e apoiado pelo FUNBIO. Alguns equipamentos foram adquiridos com recursos do Projeto Multisar e Projeto Bonito, também apoiados pelo FUNBIO.