A Coleção de Invertebrados do NUPEM/UFRJ (CIN) foi institucionalmente criada em 2020. A CIN/NUPEM incorpora dezenas de milhares de espécimes provenientes de coletas de diversos projetos de pesquisa, incluindo “Projeto Costões Rochosos” (Macaé), “Costão Rochoso” (Arraial do Cabo), “Projeto Multisar”, “Pole to Pole”, “Ecologia e Efeitos da Urbanização nas Praias de Macaé”, “Levantamentos de fauna do Arquipélago de Santana”, Habitats CENPES/PETROBRAS, entre outros. 

O material proveniente do “Projeto Costões Rochosos”, por exemplo, deverá ser o maior acervo de invertebrados de costões rochosos do Norte Fluminense. Além disso, recentemente, grande parte da coleção de Echinodermata do Instituto de Biologia/UFRJ foi transferida para o NUPEM/UFRJ, contendo aproximadamente 660 lotes, 5.600 indivíduos amostrados em profundidades de até 5.000m, e que corresponde a uma das maiores coleções de Ophiuroidea de oceano profundo da costa do Brasil. O acervo é preservado na maior parte em meio líquido (álcool 70%), e uma pequena parte em meio seco (conchas e insetos) A CIN/NUPEM conta com um módulo de cinco armários compactadores deslizantes e diversas estantes de aço com as amostras.