O NUPEM/UFRJ possui 4 (quatro) laboratórios didáticos estruturados para atender qualquer disciplina do curso. São nomeados de Laboratórios Didáticos 1, 2 e 3 e Laboratório Didático de Informática.

Nos laboratórios didáticos 1, 2 e 3 são disponibilizados microscópios ópticos, microscópios estereoscópios e armários para guardar materiais necessários às práticas. Especificamente, os Laboratórios didáticos 1 e 2 possuem bancadas dotadas de calha, pontos de água e energia, além de destiladores capelas e centrífugas, sendo adequados para práticas que envolvem observação e experimentação. O laboratório didático 3 possui bancadas com pontos de energia e é voltado para atividades de observação de materiais biológicos e outras ações acadêmicas como atividades de extensão e reuniões de grupo.

O Laboratório Didático de Informática possui 10 computadores, acesso à internet sem fio e local para projeção, sendo adequado para práticas que envolvem o uso computacional em diversas disciplinas. Da mesma forma, está disponível acesso à rede sem fio em todos os espaços da UFRJ-Macaé.