O Laboratório Integrado de Botânica tem como missão o estudo das plantas através de diferentes abordagens, desde investigações a níveis sistemáticos e taxonômicos até estudos anatômicos, bioquímicos e fisiológicos. O laboratório conta com dois microscópios e dois esteromicroscópios para observação de amostras e laminários, geladeira e freezer para acondicionamento de amostras e reagentes, balança semi-analítica e placa aquecedora com agitação para preparo de reagentes, dessecador e bomba de vácuo para infiltração de amostras vegetais em resina e micrótomo manual para realização de cortes histológicos de amostras incluídas em resina e em parafina.

O laboratório apresenta, também, uma capela de exaustão de gases, para manipulação de reagentes voláteis, e uma estufa para inclusão de amostras em parafina, ambas localizadas em área anexa ao laboratório. Outros procedimentos comumente realizados são testes histoquímicos, pesagem e dessecação de amostras, análise de viabilidade de esporos e testes de germinação. O acesso a fisiologia da fotossíntese é feito através de análises de fluorescência da clorofila por fluorometria PAM (Mini-PAM, Walz) e de sistema de imagens localmente desenvolvido e instalado em um gabinete separado. Esses sistemas permitem a análise de eficiência quântica do fotossistema II e sua dinâmica espaço-temporal. O laboratório também permite avaliações da tolerância térmica do fotossistema II em uma grande amplitude de organismos (macroalgas, plantas terrestres e até mesmo em corais) pelo uso de banho térmico de precisão em associação com fluorometria PAM.